L' Arcipelago Toscano si trovano in un "crocevia" di passaggio obbligato durante le lunghe migrazioni della stagione riproduttiva o di svernamento di numerosissime specie di uccelli. La grande varietà di ambienti costieri, dove è possibile incontrare falesie a picco sul mare, scogliere cespugliate, dune sabbiose e pinnacoli di roccia che emergono dal mare, rende possibile la frequentazione di specie di assoluto valore naturalistico, sia per la loro rarità sia per le particolari esigenze ecologiche che ne condizionano la sopravvivenza. Ogni stagione riserva inaspettate sorprese a chi, con il binocolo, si trovi a perlustrare attentamente il mare o tratti di costa dell’Arcipelago toscano. Verso la fine dell’inverno, tra le onde spumeggianti del mare in tempesta, non è difficile avvistare uccelli pelagici, ossia strettamente legati al mare aperto, come la Berta minore e la Berta maggiore, frequentatrice estiva delle isole dell’Arcipelago. Entrambe queste specie risultano nidificanti, con nuclei più o meno cospicui, tra le cavità naturali delle scogliere, in alcune isole toscane. Non è raro, osservando con attenzione i piccoli scogli affioranti, notare la presenza di due specie simili tra loro quali il Cormorano ed il Marangone dal Ciuffo. Mentre il primo, noto per l’abitudine di asciugare le ali aperte al sole, è presente in inverno con un numero esiguo di individui, il secondo, più piccolo di dimensioni, costituisce una delle peculiarità più interessanti dell’intero Arcipelago con un numero di coppie nidificanti di tutto rilievo. Entrambe le specie rivelano una straordinaria abilità nel nuotare sott’acqua all’inseguimento dei pesci, loro unica preda. Grandissima tuffatrice è la Sula, che con la sua apertura alare di 1,80 metri ed il piumaggio bianco candido con punta delle ali nera, è a volte visibile dalle coste delle isole durante tutto l’inverno. Dotata di un volo battuto ad ala semi rigida sfoggia le sue doti di acrobatica tuffatrice lanciandosi a capofitto anche da altezze elevate per catturare il pesce anche a discreta profondità. Presente con numerose colonie sulle isole dell’Arcipelago il Gabbiano reale si è adattato egregiamente alle variazioni ambientali verificatesi negli ultimi 20 anni, tanto da portarlo a sfruttare mirabilmente a scopo alimentare le discariche e riuscendo a far registrare un vero boom demografico. Ben più critica è la situazione del Gabbiano corso, simbolo del Parco; è la specie di gabbiano più rara al mondo ed è qui presente con un nucleo di coppie nidificanti di importanza strategica per la conservazione della specie a livello mondiale. Di dimensioni minori rispetto al gabbiano reale, è facilmente riconoscibile per il becco di colore rosso corallo con barra scura quasi sull’apice e le zampe di colore verde oliva chiaro. A differenza del gabbiano reale il corso non ha modificato le sue abitudini alimentari, mantenendole strettamente condizionate alla disponibilità delle risorse ittiche che, negli ultimi decenni, hanno fatto registrare nel bacino del Mediterraneo preoccupanti segnali di impoverimento. D’inverno si affacciano lungo le coste dell’isola d’Elba uccelli di provenienza nordica quali la Strolaga, nidificante in Scandinavia, o lo Smergo minore, curiosa anatra marina con il becco "a sega" e caratteristico ciuffetto dietro la nuca, entrambe formidabili pescatrici che a volte troviamo nei porticcioli e vicino alle spiagge. Il Parco Nazionale fin dalla sua istituzione, anche usufruendo di finanziamenti della Comunità Europea, ha intrapreso azioni per il monitoraggio e la protezione degli uccelli marini dell'Arcipelago Toscano, componente peculiare della fauna dell'Area Protetta. Tra gli interventi più significativi la derattizzazione dell'Isola di Giannutri nel 2008 e Montecristo nel 2016. Immediati i benefici per l'ecosistema, in particolare per la popolazione della Berta minore che ha visto aumentare incredibilmente, fino al 95%, il successo della nidificazione. Inoltre vengono studiati sistematicamente gli spostamenti di alcuni uccelli marini, in particolare la Berta maggiore, anche mediante il posizionamento sul dorso degli uccelli di gps al fine di individuare le zone dove questi uccelli vanno ad alimentarsi.